Проверку Куйбышевского, Новокуйбышевского и Сызранского НПЗ правоохранительные органы начали в декабря 2003 года. Одновременно было возобновлено расследование старых уголовных дел, возбужденных в 1999 году и тогда же закрытых. В этих уголовных делах речь шла о фактах минимизации Поволжскими НПЗ налоговых платежей с помощью фирм, зарегистрированных в закрытых автономных территориальных образованиях (ЗАТО), являющихся, по сути, внутренними оффшорами.

По информации "КоммерсантЪ", схема минимизации налоговых платежей, применявшаяся на НПЗ, выглядела следующим образом. "Фирмы, зарегистрированные в ЗАТО, выступали поставщиками нефти, арендаторами части оборудования НПЗ, а также заказчиками производимого бензина. Формально они не имели отношения к ЮКОСу. То есть на НПЗ перерабатывалась давальческая нефть, а фирмы, передававшие ее на переработку, платили пониженные акцизные сборы, от чего в выигрыше оказывался ЮКОС. Однако, по мнению следствия, речь шла именно о нефти, добываемой подразделениями компании. Таким образом Сызранский НПЗ, как считает следствие, недоплатил в 1999 году 26 млн руб. акцизов. Сумма недоимки Куйбышевского НПЗ не уточняется, но, по некоторым данным, она примерно такая же - около $1 млн."